Јавната установа за заеднички работи за потребите на ЈЗУ Клиники и институти - Скопје ги содржи следните организациони целини:
Управа на ЈУ за заеднички работи
Комерцијална служба
Служба за финансиско работење со сметководство
Клиничка аптека
Централна стерлизација
Техничка служба: котлара, комунален сервис, сектор за екологија, занат сервис, кисикана, возен парк, ПТТ централа
Центар за информатика
Служба за обезбедување на имот и лица